Huang Chao forderte beim Einzug in die Hauptstadt die Bewohner zur Ruhe auf und stellte sich als Befreier dar. Aber letztlich plünderten seine Soldaten einfach drauflos und schlachteten die Leute in den Straßen ab. Trotzdem proklamierte Huang Chao eine eigene Dynastie und setzte vier Minister ein, musste aber feststellen, dass seine Leute für zivile Posten einfach ungeeignet waren. Viele Überlebende flohen aus Stadt und Umgebung, was zur Folge hatte, dass die Versorgung stockte und der Getreidepreis in die Höhe schnellte. Als eines Tages ein beleidigendes Gedicht an einem Tor klebte, ließ der Stellvertreter Huang Chaos, Shang Rang, jeden ermorden, der dichten konnte – mit Beamten und einigen Wachsoldaten etwa 3.000 Leute.

Der Befehlshaber der flussaufwärts befindlichen Festung Fengxian ließ sich auch nicht auf Huang Chaos Seite ziehen. Im März 881 schickte Huang Chao also seine Stellvertreter Shang Rang und Wang Bo gegen diesen Zheng Tian, der als unmilitärischer Gelehrter eingeschätzt wurde. Sie erlitten eine schwere Niederlage, so dass einige Rebellenführer, u. a. Huang Chaos Statthalter in Luoyang, wieder zu den Kaiserlichen überliefen. Ein Jahr später war es dem Hof möglich, die Versorgung von Chang’an zu unterbinden, obwohl die kaiserlichen Truppen noch durch eine (durch eigene Korruption und Brutalität ausgelöste) Revolte in Sichuan gebunden waren.

Dadurch musste Huang Chao wieder in die Offensive gehen, er führte diverse Angriffe durch, wobei die betroffenen Militärgouverneure einer Schlacht mit ihm sorgsam auswichen. Schließlich rief der Hof die Shato des Li Keyong (*856/ † 908) zu Hilfe, die sich damals in Shensi festgesetzt hatten. Der zog mit seinen 35.000 Reitern gegen die 150.000 Mann Huang Chaos zu Felde, bekam Verstärkungen vom Hof und schlug ihn schließlich im Februar 883 in der Schlacht vom Liangdian-Hügel. Im April 883 verließ Huang Chaos Armee endgültig Chang’an, und im Juni 884 wurden auch die letzten Truppen Huang Chaos zerschlagen. Er beging Selbstmord. 885 kehrte der Kaiser nach Chang’an zurück und starb bald darauf. Aber der Untergang der Tang-Dynastie war besiegelt.

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Das Shogunat hegte den Verdacht, dass Katholiken aus dem Westen an der Ausbreitung der Rebellion beteiligt waren. 1639 wurden daher die im Lande verbliebenen letzten Portugiesen (Südbarbaren, nanbanjin) vertrieben. Unter den Europäern duldete man nur noch die Niederländer, deren Handelsniederlassung jedoch 1641 nach Nagasaki verlegt wurde. Das Christentum überlebte nur im Untergrund (Kakure kirishitan). Marien-Figuren wurden als Kannon-Gottheiten (Maria-Kannon) getarnt, christliche Gräber mit verdeckten Symbolen versehen.

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Kakure Kirishitan (隠れ切支丹 oder 隠れキリシタン, „verborgene Christen, Kryptochristen“) bezeichnet Japaner, die ab Anfang des 17. Jahrhunderts trotz des Verbots des Shogunats das katholische Christentum als Religion angenommen hatten und ohne Einflüsse von außen zu einer eigenen Glaubensform weiter entwickelten. Diese entsprach jedoch nicht mehr der durch die Mission verbreiteten Ausformung des Katholizismus, da es zum Verlust der Kommunikation mit den Missionen und der institutionalisierten Kirche kam. Daneben besaßen viele Christen nur ein begrenztes Verständnis der vor Ort noch neuen Religion und ihrer Riten. Infolge der Verfolgung kapselten sich die einzelnen Gemeinden voneinander ab, sodass die tatsächlich ausgeführten Praktiken variierten. Dazu kamen Verbindungen mit Shintō und Buddhismus, die als Tarnung der christlichen Handlungen und Glaubensüberzeugungen genutzt werden konnten.[5] Ein literarisches Beispiel, wo sich diese Überschneidungen zeigen, ist das Tenchi Hajimari no Koto.[6][7] Ob die Kakure Kirishitan noch als im engeren Sinne „christlich“ bezeichnet werden können, wird von einigen Forschern angezweifelt.[8]

Während sich kleine Teile der ausländischen Mission noch rund drei Jahrzehnte versteckt in Japan aufhielten, übernahmen wahrscheinlich die dōjuku and kanbō (zwei Ämter, die es ausschließlich in Japan gab), welche als Nichtordinierte jedoch keine Sakramente spenden durften, die Hauptverantwortung in den Gemeinden. Bestand bereits zur Zeit der Legalität ein Mangel an ordinierten Geistlichen, führte diese Entwicklung – bis auf die Taufe – zu einem weiteren Rückgang sakramentaler Praxis. Organisatorisch orientierte man sich vielfach an Sodalitäten und Bruderschaften. Später entstanden weitere Funktionsträger in den Gemeinschaften, deren Bezeichnung zwischen den Gemeinden schon auf kurzer Distanz variierten.[9]

Bibeln oder andere schriftliche Quellen besaßen die Kakure Kirishitan nicht mehr, da diese auf Anweisung des Shogunats verbrannt worden waren. An unauffälligen Stellen hatten sie aber Objekte mit mehr oder minder deutlichen Kreuzformen bzw. buddhistische Kannon-Figuren (Maria-Kannon), die sie im Geheimen für ihre sakralen Handlungen benutzten. Die dabei gesprochenen Gebete, die Orasho oder Oran’yo (von lat. oratio, Gebet), waren eine Mischung aus Latein, Portugiesisch und Japanisch, die im Lauf der Jahrzehnte von den Gläubigen nicht mehr verstanden wurde. Ein aus Ikitsuki bei Nagasaki überliefertes Orasho beginnt mit den Worten deusu paitero, hīryō, superito santo no (でうすぱいてろ、ひーりょう、すぺりとさんとの) und entstand aus der lateinischen trinitarischen Formel Deus pater, filius, spiritus sanctus („Gott Vater, Sohn, Heiliger Geist“) bzw. aus dessen (teils) portugiesischer Entsprechung Deus padre, (Deus) filho, (Deus) spiritu sancto.

Im Jahr 1853 im Zeitalter der beginnenden Industrialisierung erzwangen die USA die Öffnung Japans. Drei Jahre später wurden die ersten Handelsverträge mit den Vereinigten Staaten von Amerika und europäischen Ländern abgeschlossen und Japan öffnete fünf Häfen (Hakodate, Niigata, Yokohama, Kōbe und Nagasaki) für ausländische Schiffe.

Am 22. Januar 1863 begann in Nagasaki zum ersten Mal nach dem Verbot von 1613 der Bau einer christlichen Kirche (大浦天主堂, Ōura tenshudō, der „Basilika der sechsundzwanzig heiligen Märtyrer Japans“) für die dort anwesenden Franzosen, die am 29. Dezember 1864 vollendet wurde. Am 17. März 1865 bekam Bernard Thadee Petitjean, der Seelsorger der Kirche, Besuch von fünfzehn Japanern. Eine Frau mit dem Namen Yuri Sugimoto teilte ihm mit, sie seien Christen – mehr als 250 Jahre nach dem offiziellen Verbot und über 200 Jahre nach dem Verlust aller Kontakte nach außen.

Nach der Aufhebung des Verbots des Christentums kehrten zahlreiche Kakure Kirishitan wieder in die Römisch-katholische Kirche zurück. Heute beträgt die Zahl der Japaner, welche die alten Kakure-Rituale praktizieren, einige Hundert.

2018 wurden verschiedene christliche Stätten in die Liste des UNESCO-Weltkulturerbe aufgenommen.

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