Wikiversity:Fellow-Programm Freies Wissen/Einreichungen/ALPACA – Automated Labelling and Parcellation of Auditory Cortex Areas/Zwischenbericht
Fellow-Programm Freies Wissen - Zwischenbericht BearbeitenDieser Zwischenbericht dient als Grundlage zur Bewilligung der Weiterfinanzierung der einzelnen Forschungsvorhaben sowie zur Evaluation des Fellow-Programms Freies Wissen. I. Infos zum eigenen Forschungsvorhaben (max. 3000 Zeichen) BearbeitenA. Status Quo BearbeitenBeschreibe dein Forschungsvorhaben anhand deiner individuellen Roadmap. Innerhalb meines Forschungsvorhabens „ALPACA – Automated Labelling and Parcellation of Auditory Cortex Areas“ möchte ich eine Toolbox entwickeln, welche robust und reliabel den auditorischen Kortex lokalisiert und in Subareale parzelliert. Dabei können die NuzterInnen aus einer Vielzahl der hierzu am meisten verwendeten Methoden auswählen, sowie diese kombinieren. Alle verwendete Software ist hierbei frei zugänglich und die Toolbox als Python-Modul bzw. "docker container" nutzbar, um unter dem Ziel Reliabilität und Robustheit auch Flexibilität zu ermöglichen. Zur Evaluation und Validierung der Toolbox wird ein Datensatz erhoben, in welchem ProbandInnen alle Experiment- sowie Aufnahmesettings zweifach durchlaufen und auf selbigen alle enthaltenen Analysemethoden angewendet werden. Der gesamte Datensatz wird frei zur Verfügung gestellt. Im Zuge der Entwicklung der Toolbox werden weiterhin die entsprechenden notwendigen Grundlagen (Serversystem, open source Software, Datenstruktur, -organisation und –verfügbarkeit, etc.) am durchführenden Institut erarbeitet und etabliert, was in einen Workshop „open and reproducible neuroscience using python“ mündet. B. Fortschritt BearbeitenBeschreibe den aktuellen Projektstand auf Basis deiner Roadmap. Die zu Beginn des Projekts aufgestellte Roadmap musste auf Grund diverser Probleme eine Umstrukturierung erfahren. Genauer sind dies Schwierigkeiten beim notwendigen Ethikantrag für die ProbandInnenmessungen, sowie Einsetzen des Stipendiums zur MRT-Kostendeckung, welche sich jeweils auf Grund des erstmaligen Charakters dieser ergeben. Der Ethikantrag ist der erste jemals in dieser Form (komplette Offenlegung und Teilung aller anonymisierter Daten, etc.) eingereichte, weshalb hierbei ein großer organisatorischer Mehraufwand entsteht und sich dadurch der Erarbeitungs- und Entscheidungsprozess sehr in die Länge zieht. Hinsichtlich der MRT-Kostendeckung (Messzeit, Helium, etc.) verhält es sich ähnlich, da selbige bisher noch nie über eine vergleichbare Ressource gedeckt wurden. Für den Zeitraum dieser Entscheidungsprozesse, sowie in den Prozess selbst, besteht für mich keine Möglichkeit aktiv zu werden. Daher wurde die Roadmap so umstrukturiert, dass ich zunächst, bis die gennannten Prozesse fertig bearbeitet sind, alle Aufgaben erledige (und vorziehe), für welche ich weder ein positives Ethikvotum, noch Datenakquise benötige. So wurde bereits die Planung für den Workshop fertiggestellt, als auch die „open science initiative“ gegründet und vorangetrieben. Weiterhin wurde basierend auf offenen, frei zugänglichen Daten ein großer Teil der Analyseskripte fertiggestellt. C. Ausblick BearbeitenWas sind die nächsten Schritte? Ist es nach deiner Einschätzung weiterhin realistisch, die gesetzten Ziele/Meilensteine bis zum Ende der Programmlaufzeit zu erreichen oder gibt es wesentliche Veränderungen, die deine Zielsetzung betreffen? Benötigst du zur Erreichung deiner Ziele verstärkt Unterstützung seitens deines Mentors/deiner Mentorin und/oder seitens Wikimedia? Die nächsten Schritte beinhalten die weitere Arbeit an den Analyseskripten (soweit möglich ohne neu akquirierte Daten), sowie den Beginn der Automatisierung der bestehenden Verarbeitungsabläufe. Weiterhin wird mit der Einarbeitung in die Erstellung und Anwendung von "docker containers" begonnen und die Tutorials für verschiedene Bereiche der Toolbox (an welchen bereits gearbeitet wird) fertiggestellt. Durch die Umstrukturierung, welche im wesentlichen das Vorziehen von Teilen späterer Projektphasen beinhaltet, gehe ich weiter davon aus, die in der Roadmap festgehaltenen geplanten Ziele bis zum Ende der Programmlaufzeit zu erreichen. Ich fühle mich seitens meines Mentors und Wikimedias sehr gut unterstützt, weshalb ich momentan davon ausgehe, keine verstärkte Unterstützung zu benötigen. II. Zusammenarbeit mit Fellows sowie Mentorinnen und Mentoren (max. 3000 Zeichen) BearbeitenA. Zusammenarbeit mit deiner Mentorin/deinem Mentor BearbeitenWie regelmäßig findet ein Austausch statt? Wie/ über welche Kanäle kommuniziert ihr? Wie hilfreich ist der Austausch für dich/ dein Forschungsvorhaben? Was wünschst du dir für die künftige Zusammenarbeit? Die Zusammenarbeit mit meinem Mentor, Daniel Mietchen, ist im Gesamten als sehr positiv zu beschreiben. Die wöchentlichen Meetings werden sehr gut von Daniel strukturiert und finden per Skype statt. Im Fall von terminlichen und/oder technisch relatierten Problemen bestehen aber auch andere Möglichkeiten der Kommunikation und Planung, so dass ich Daniel immer erreichen und Unterstützung bekommen kann. Gleiches gilt für Zeiten, in denen ich vor größeren Problemen stehe oder mehr Hilfe benötige. Hierbei ist es immer möglich, sich öfter und/länger auszutauschen. Daniels Unterstützung und seine zugrundeliegende Erfahrung im Bereich „open science“ und experimenteller Planung, sowie Durchführung von Studienvorhaben sind essentiell für das Projekt und äußerst hilfreich. Dabei sind vor allem die weitreichenden und omnipräsenten Möglichkeiten des Einsatzes von „open science“-Methoden hinsichtlich einer transparenten, nachvollziehbaren, nachhaltigen und vernetzten Darstellung, sowie Dokumentation von Projekten sehr neu für mich, werden aber durch Daniel gut verständlich und umfassend erklärt. Dies reicht von Annotation und Organisation von wissenschaftlichen Artikeln bis hin zu Fragen der Lizensierung. Die bisher erworbenen, als auch noch folgenden Kenntnisse und Fähigkeiten leisten einen prägenden Beitrag zu meiner wissenschaftlichen Ausbildung und befähigen mich, „open science“ weiter an meinem Institut, unter anderem durch Weitergabe innerhalb von Supervisionen studentischer Abschlussarbeiten, zu etablieren. Für die weitere künftige Zusammenarbeit würde ich mir ein unverändertes Setting und einen vergleichbaren Ablauf wünschen. B. Austausch mit anderen Fellows BearbeitenInwiefern findet ein Austausch statt? Wie/ über welche Kanäle kommuniziert ihr? Wie hilfreich ist der Austausch für dich/ dein Forschungsvorhaben? Was wünschst du dir für die künftige Zusammenarbeit? Die große Vielfalt der anderen Fellows und die daraus entstehende thematische Diversität stellen eine große Bereicherung innerhalb des Programms dar. Der Übertrag in die praktische Arbeit und den Prozess der Projekte ist dabei, je nach Art des Projekts, mehr oder weniger fließend. Die Kommunikation zwischen den Fellows findet hierbei ein sehr gutes Maß zwischen allgemeinen Hinweisen und detailreichen Diskussionen. Selbiges spiegelt sich auch in der Art der Kommunikationskanäle, da über den Fellows-Mailverteiler generelle Ankündigungen und Themen zugänglich sind, während sich im Slack-team über spezifische Punkte ausgetauscht wird. Ähnliches gilt für die Quantität: der allgemeine Austausch unter den Fellows mag zwar niederfrequent erscheinen, aber falls Bedarf an selbigem und/oder Unterstützung besteht, ist dies sehr schnell möglich und wird von allen Beteiligten gern wahrgenommen und bereitgestellt. Persönlich profitiere ich sehr von der bereits angesprochenen Diversität und aktiven Gruppe, da der Austausch mit fachfremden Personen eine völlig neue und andere Sicht auf das Projekt ermöglicht und Verbesserungschancen aufzeigt. Des Weiteren ist auch ein methodisch spezifischer Austausch mit Fellows angrenzender oder verwandter Disziplinen möglich. So entsteht, alles zusammengenommen, ein Umfeld und eine Bewegung mit der Motivation, Wissenschaft in allen Facetten voranzutreiben und innerhalb derer man das Gefühl hat, Teil von etwas Größerem zu sein. Etwas, was hoffentlich über die Zeit des Programms und darüber hinaus bestehen bleibt. III. Kommunikation und Vernetzung (max. 3000 Zeichen) BearbeitenA. Kommunikationsaktivitäten mit Bezug zum Fellow-Programm BearbeitenHast du bereits Kommunikationsaktivitäten mit Bezug zum Fellow-Programm/Offene Wissenschaft (Fachbeiträge und/oder Blogposts) initiiert oder planst du solche? Wenn ja, bitte beschreiben. Im Rahmen der neu gegründeten „Open Science Initiative University of Marburg“ (siehe IV. A.) befinden sich zwei Projekte in Planung, welche jeweils im Frühling 2018 starten werden. Genauer sind dies eine Interview-Serie und ein Podcast. Innerhalb der Interview-Serie „It’s all open“ ist geplant, über diverse lokale, nationale und internationale Projekte offene Wissenschaft in ihrer umfassenden Breite vorzustellen und zu thematisieren, sowie den Blick hierfür zu schärfen. Die Interviews werden mit VertreterInnen der Projekte durch Personen verschiedener Karrierestufen und Fachbereiche geführt. Der Podcast „How did this get published?“ hat pro Folge einen wissenschaftlichen Artikel zum Thema, welcher hinsichtlich der „open science principles“ von einer Gruppe von vier Personen (zwei aus dem entsprechenden Fachbereich des Artikels und zwei Fachfremden, jeweils eine studentische und eine graduierte VertreterIn) besprochen wird. B. Weitergabe von Wissen BearbeitenKonntest du bereits dein Wissen über Offene Wissenschaft an deiner oder an einer anderen wissenschaftlichen Einrichtung (z. B.: über Teilnahme an Veranstaltungen, eigene Vorträge oder Workshops, Gespräche mit Kolleginnen und Kollegen) weitergeben oder auf das Thema Offene Wissenschaft aufmerksam machen? Bitte beschreiben.
Der Wissenstransfer wurde bereits über verschiedene Wege, soweit möglich und erlaubt, eingeleitet. So z.B. durch die Integration von „open science“ Themen in diverse Lehrveranstaltungen (und das umstellen selbiger auf „open educational resources“), setzen neuer Standards im Forschungsbetrieb (Umstellung auf „open source software“, „open lab notebooks“, etc.) oder dem Planen und Durchführen von kostenfreien, frei zugänglichen Workshops und Vortragsreihen. Aber leider wird „open science“ doch kritischer, negativer und gleichgültiger wahrgenommen als es das Thema zunächst vermuten ließe, wobei sich, basierend auf der bisherigen Erfahrung, drei Kerngruppen herausbilden: aktive „open science“ Befürworter und Unterstützer; Personen, welche gegenüber „open science“ nicht abgeneigt sind, aber auch kein aktives Handeln anstreben bzw. der Meinung sind, dass es bereits genug „open science“ gibt und Kritiker, welche jedwede Art der Partizipation, Etablierung oder Verteilung kategorisch ablehnen. Genannte Hauptgründe hierfür sind eine fehlende Motivation zum Wechsel, kein Verständnis, sowie Angst vor Datendiebstahl verschiedenster Art. Diese Gruppen finden sich dabei auf allen Levels, von Bachelorstudierenden bis zu ProfessorInnen, obgleich auch in unterschiedlicher Zusammensetzung und Anzahl. Dem gegenüber steht die große Anzahl nationaler und internationaler Initiativen bzw. Ansprechpartner, mit denen ein reger Kontakt leicht und schnell aufgebaut werden konnte bzw. kann. Beispiele hierfür sind unter anderem das Durchführen gemeinsamer Aktionen (z.B. hackathons) und Kollaborationen. Mehr Vernetzung und Zusammenarbeit würde ich mir mit VertreterInnen von Wikimedia wünschen, vor allem hinsichtlich Unterstützung und Ideenfindung zur weiteren Etablierung von „open science“. IV. Förderung von Offener Wissenschaft (max. 4000 Zeichen) BearbeitenA. Neue Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaft BearbeitenSind seit dem Start des Fellow-Programms (neue) Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaft an deiner wissenschaftlichen Einrichtung entstanden? Wenn ja, welche und wie konntest du diese unterstützen? Wenn nein, warum nicht? Bitte beschreiben. Durch die Unterstützung des Fellow-Programms konnten weitere „open science“ Aktivisten/Interessierte und ich die „Open Science Initiative University of Marburg“ ins Leben rufen. Diese stellt eine universitätsweite, autark und primär studentisch organisierte Initiative dar, welche die Etablierung und den Wissenstransfer hinsichtlich „open science“ zum Ziel hat. Im Zuge selbiger konnten wir bereits eine Zusammenarbeit mit der Stabsstelle Forschungsdatenmanagement, der „Marburg Research Academy (MARA)“, sowie diversen Fachbereichen (z.B. Medizin & Psychologie) erarbeiten. Weiterhin organisieren wir wöchentliche „hackrooms“, innerhalb derer kurze Workshops gegeben werden, als auch Personen aller Fachbereiche und Karrierestufen kostenfreie Unterstützung hinsichtlich „open science“, sowie Methoden (z.B. Programmieren, Statistik, etc.) erhalten und zusammenkommen, um gemeinsam, kollaborativ und offen an Projekten zu arbeiten. Des Weiteren planen wir die bereits angesprochene Interview-Serie und den Podcast, sowie größere mehrtägige Workshops, welche „open science“ in verschiedene fachspezifische Anwendungen übertragen, und fachübergreifende Lehrveranstaltungen auf allen Levels, von Bachelor- bis zu PromotionsstudentInnen und darüber hinaus. B. Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaften BearbeitenWelche Möglichkeiten siehst du, um (eigene) Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaften deiner wissenschaftlichen Einrichtung oder anderen wissenschaftlichen Einrichtungen anzustoßen? Welche Herausforderungen und Chancen bestehen dort, um das Thema Offene Wissenschaft sichtbar/noch sichtbarer zu machen? Bitte beschreiben. Basierend auf eigenen bisherigen Erfahrungen und denen anderer Personen, bilden sich zwei Kernansätze zur Förderung Offener Wissenschaft heraus: Etablierung und Thematisierung von Offener Wissenschaft in frühen Stadien der akademischen Ausbildung (Bachelorstudium) und verstärkter Dialog/ Förderung/ Training in fortgeschritteneren Karrierestufen. Zugrundeliegend hierfür ist ein beobachtbarer Kreislauf von Lehrkräften / ProfessorInnen mit mangelndem Wissen und Training im Bereich Offener Wissenschaft und dadurch ausbleibender Weitergabe an StudentInnen innerhalb von Lehrveranstaltungen, Praktika, Abschlussarbeiten, etc. Dies bewirkt weiterhin eine fehlende Motivation, sowie mangelndes Verständnis der Relevanz. Durch den genannten zweigeteilten Ansatz könnten die angesprochenen Probleme effizient angegangen werden, wobei für eine vergleichbar zeitsensitive Umsetzung beide Punkte essenziell sind. Entsprechende Lehrveranstaltungen als Teil des Bachelor- und Mastercurriculums sollten dabei die Prinzipien Offener Wissenschaft in ihrer ganzen Breite (rechtliche Grundlagen, Lizenzen, Arbeitstechniken, etc.) abdecken und neben einer allgemein gültigen Vermittlung von (theoretischen) Inhalten auch Beispiele für konkrete Umsetzungen in den praktischen wissenschaftlichen Alltag der jeweiligen Fachrichtung (und auch anderer) geben. Basierend auf ersten Erfahrungen, besteht innerhalb früher Phasen eines Studiums großes Interesse an den Prinzipien und der Umsetzung Offener Wissenschaft. Selbiges nimmt linear, wenn nicht sogar exponentiell, mit dem Fortschreiten des Studiums ab. Dies ist bedingt durch die bereits angesprochene Problematik mangelnder Erfahrung und Trainings von Lehrkräften / ProfessorInnen im Bereich Offener Wissenschaft und dem Vermitteln gängiger wissenschaftlicher Praxis (Publikationsdruck, Zurückhalten von Daten und Analysemethoden, etc.). Daher sind auch Weiterbildungsmaßnahmen wie Workshops und/oder Qualifizierungen für postgraduierte Personen (von DoktorandIn bis zu ProfessorIn) sinnvoll und notwendig. Die Inhalte sollten dabei vergleichbar mit denen der StudentInnenkurse sein, einen Fokus auf die Vermittlung entsprechender Inhalte haben sowie Förderungsmöglichkeiten miteinschließen. |